Кубок был организован основателем Кубка ярмарок швейцарцем Эрнстом Томмом и австрийским тренером Карлом Раппаном. Первый розыгрыш кубка состоялся в 1961 году при спонсорской поддержке букмекерских контор. Они были заинтересованы в таком межсезонном летнем турнире, дабы не прекращать свою работу.

Первоначально турнир назывался Международным Футбольным Кубком (англ. International Football Cup [IFC]). Он не был признан УЕФА и имел неофициальный статус. Кубок состоял из группового этапа и плей-офф, финал которого определял победителя. С 1967 года плей-офф и финал не проводился, поэтому турнир не выявлял единоличного победителя.

В 1994 году УЕФА решил возродить интерес к этому кубку, изменив формат турнира и награду. Теперь победители (в первый розыгрыш двое, затем трое) получали путёвку в Кубок УЕФА. Многие клубы Европы получили дополнительный шанс поучаствовать в Кубке УЕФА и просто приобрести опыт международных встреч.

В качестве критики турнира многие отмечают ранний старт сезона, сетуя на то, что команду может подвести физическая форма на финише внутреннего чемпионата. Для некоторых российских клубов за участием в Кубке Интертото следовало расставание с высшим дивизионом по итогам чемпионата России. Однако, как показала практика, участие в турнире вредит не всем: часто его победители в этом же сезоне занимали призовые места своего чемпионата и достигали высоких стадий в Кубке УЕФА.

И всё же с 2006 года УЕФА в очередной раз изменил формат турнира, уменьшив нагрузку на клубы. Этот розыгрыш стал новаторским ещё и потому, что турнир приобрёл материальное воплощение своего названия: УЕФА решил наградить кубком английский Ньюкасл, прошедший дальше всех в Кубке УЕФА из тех 11 команд, которые попали туда благодаря успеху в Кубке Интертото.

В ноябре 2008 года исполнительный комитет УЕФА принял решение об отмене розыгрыша Кубка Интертото начиная с 2009 года.

С сезона 2006/2007 в регламенте турнира произошли изменения: теперь вместо пяти раундов проводится три, а количество победителей возросло с трёх до одиннадцати. Победители проходят во второй отборочный этап кубка УЕФА. От каждой страны теперь можно заявлять только один клуб.

Жеребьёвка турнира проводится по географическому принципу, решение, какая страна на каком этапе вступает в турнир, зависит от рейтинга стран УЕФА.

Воин проигрывает сражение лишь тогда, когда считает его проигранным. (Е. Гуляковский "Чужие Пространства")